1、不耐脏 硅藻泥大多是淡雅的色调，在有小孩的家庭里很容易留下小孩玩耍的手印脚印什么的各种污迹，虽然网上有说用橡皮擦可以擦掉，但也有很多网友反映这方法并不见效。
2、不能擦洗 瓷砖或者很多墙面漆都是防水的，家里墙壁脏了，可以用湿抹布直接擦拭，但是硅藻泥本身的结构是纳米的蜂窝状结构，他的吸附性要比活性炭高300倍，一旦用水擦拭可能就会直接吸附到分子结构中去，起不到清洁的作用。另外硅藻泥是“泥”，由于天性也是不能用水擦洗的，一旦墙面弄脏不能选择用水擦洗。
3、不防水 硅藻泥由于其自身结构吸水性很强，但不防水，不能用于过于潮湿的地方，比如厨房卫生间这些地方容易潮湿不能使用硅藻泥装修，这时硅藻泥装修的局限性。
4、要经常清理 硅藻泥本身能够吸附和分解空气中的灰尘等有害物质，如果长时间不进行清理，会把墙壁的颜色改变，令家居环境变得肮脏不堪，所以硅藻泥墙壁要经常清理。
5、手感不佳 硅藻泥摸起来是比较粗糙，凹凸不平的，并没有油漆的光滑细腻，对于喜欢墙面摸起来光滑手感的人来说，硅藻泥就略显劣势。
6、花色不够丰富 与壁纸丰富的花色、活跃的色彩、多变的造型相比，硅藻泥肌理图案较为单调，不够丰富。
7、硬度不好 硅藻泥毕竟是“泥”，其硬度与瓷砖等根本无法相比较，据网友反映用质量不好的硅藻泥被碰撞后还会碎成一块一块的掉下来。
8、价格较贵 与乳胶漆等相比硅藻泥的价格比较高，一般在三四百元以上每平米，普通工薪阶层出于经济情况都不会选择这么贵的材料进行家居装修，所以用网友的话来说那就是有钱人的玩意。