1花园设计：植物配置问题
植物种类宜选择姿态优美、矮小、浅根、抗风力强的花灌木、小乔木、球根花卉和多年生花卉。由于多年生木本植物根系对防水层穿透力很强，因此，应根据覆土厚度来确定种植植物品种。覆土厚100cm可植小乔木;厚70cm可植灌木;若覆土50cm厚，可以栽种低矮的小灌木，如蔷薇科、牡丹、金银藤、夹竹桃、小石榴树等;若覆土厚30cm,宜选择冬枯夏荣的一年生草本植物，如草花、药材、蔬菜。
2花园设计：结构顶板荷载
通常屋顶花园设计时屋顶结构已经完成(部分为已成建筑)，屋顶结构还能承受多少重量做屋顶设计的前提条件。如若设计超过建筑顶部设计荷载，将会导致屋顶结构处于随时危险的状态，此为屋顶花园设计之大忌。因此在屋顶花园设计时要考虑设计内容的重量区间，种植土的厚度，最大能种植多大规格的树等等。
3花园设计：防水和排水
通常原始屋顶是通过屋顶面找坡排水的形式，将雨水引至排水口，屋面做防水层。在屋顶花园设计以后如果不采取专业处理，屋面的雨水无法快速地从排水口排出，将导致屋顶积水、植物根系破坏防水层导致漏水，屋顶植物淹死等问题。所以做屋顶绿化设计时要考虑到屋顶有组织排水，屋顶和种植土之间需要铺设屋顶花园专用排水板，屋顶花园专用排水板不妨碍屋顶自由排水，且有部分蓄水功能，保持屋顶植物的水分(从下往上做法为：屋顶结构-防水板-无纺布一层-5~10cm厚中粗砂-适当厚度的轻质种植土-屋顶植物)。实际工程中屋顶花园专用排水板已经得到广泛的运用，它的效果也得到了实践的考验。
4花园设计：防止植物根系穿刺问题
屋顶绿化植物的根系若不采用阻拦的措施，会对屋顶的结构造成一定的伤害。即使是在仅有防水层或包括压制层的屋面上，由于空气的流动作用导致一些植物的种子飘落屋面上，在一定的条件下，植物也能顽强的生长。其后果导致其根系穿透防水层，甚至结构层，从而使整个屋面系统失去作用。在花园无卖弄上，由于涂层的存在，产生了更有利于植物生长的环境。其他的某些外来植物一般都较预先铺设的植物更具生命力，这些植物会不断侵蚀其他植物的领地。另外，草类植物的根系相当发达并且穿透力较强，对防水层及结构层的破坏力也很大。所以在建筑物的结构层上进行园林建设时，就必须引导和限制植物根系的生长。否则，植物根穿透防水层会造成防水功能失效;植物根穿透结构层而造成更为严重的结构破坏。综上所述，从经济和安全角度考虑，植物根阻拦层的设置对于花园屋面的建设是不可或缺的。如果忽略植物根阻拦层的设置，将造成因小失大的严重后果。
5花园设计：抗风性
屋顶花园的设计中为了功能和美观的需要，有时需要设计一些构架，小品等立于屋顶之上。如果必须设计这些，将会遇到一对矛盾体。A,屋顶往往风力较低面大，则需要构架基础更牢固;B,在屋顶没有条件将基础埋于土下很深处，在屋顶上植筋效果不理想还破坏屋顶防水层也是不可取的。这是一对矛盾体，解决这对矛盾的方法就是为之设计放大基础。